Vi rút Nipah là bệnh truyền nhiễm nhóm A, lây truyền chủ yếu từ động vật sang người (hiện tại ở Ấn Độ chủ yếu qua dơi ăn quả), qua thực phẩm hoặc vật phẩm bị nhiễm vi rút; đồng thời cũng có thể lây từ người sang người qua tiếp xúc trực tiếp với dịch tiết, dịch bài tiết của bệnh nhân.