Bệnh viện Da Liễu là đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh, là bệnh viện chuyên khoa hạng I - tuyến chuyên khoa cao nhất của thành phố và các tỉnh phía Nam về các bệnh Da, Phong và các Nhiễm khuẩn lây qua tình dục, được Bộ Y tế giao nhiệm vụ phụ trách chỉ đạo tuyến, xây dựng màng lưới da liễu 21 tỉnh, thành phía Nam từ Ninh Thuận đến Cà Mau.
Quy chế tổ chức và hoạt động của Bệnh viện Da Liễu được ban hành theo Quyết định số 2019/QĐ-SYT ngày 04 tháng 5 năm 2016 của Sở Y tế TP. Hồ Chí Minh.
Bệnh viện được giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính giai đoạn 2023–2025 theo Quyết định số 3717/QĐ-UBND ngày 31 tháng 8 năm 2023 của Ủy ban nhân dân Tp. Hồ Chí Minh.
Ban Giám đốc bệnh viện gồm có 01 Giám đốc và 02 Phó Giám đốc; có 20 khoa/phòng gồm 10 phòng chức năng và 10 khoa lâm sàng/cận lâm sàng:
Các đoàn thể bệnh viện gồm có Công đoàn cơ sở, Đoàn thanh niên cơ sở và Hội Cựu chiến binh.